IMAP
IMAP-protokollaa käytettäessä sähköpostiohjelma synkronoi postilaatikon sisällön palvelimelta, jolloin posteja voidaan säilyttää palvelimella. IMAP-protokollaa käytettäessä viestejä voidaan siksi käsitellä esim. webmailin kautta ja useammalta eri tietokoneelta samanaikaisesti. Voit siis käyttää samaa sähköpostilaatikkoa esim. työpaikalla ja kotona.
POP3
POP3 -protokolla kopioi ensin kaikki viestit palvelimelta sille laitteelle, josta yhteys on otettu. Samalla viestit poistetaan palvelimelta (ellei toisin määrätä). POP3 -protokollan käyttö ei ole suositeltavaa mikäli samaa sähköpostia halutaan käyttää useammalta laitteelta, esim. tietokoneelta ja mobiililaitteelta.
Sähköpostiohjelman asetuksista löytyy yleensä kohta jolla viestit voidaan jättää esim. muutaman päivän ajaksi palvelimelle vaikka ne ladataankin omalle tietokoneelle